下面的内容是从网上收集的个人写的目录结构，写的很实用。这个链接是官方提供的目录结构。
（在官方的目录结构中也提到：/install 安装程序目录，安装完后可删除[安装时必须有可写入权限]。）
根目录
/dede 管理后台目录
/freelist 自由文档列表生成目录
/html 默认文章生成目录
/include 程序核心文件目录
/member 会员管理目录
/plus 插件及辅助功能目录
/setup 安装目录
/special 专题生成目录
/templets 默认模板存放目录
/upimg 上传下载文件保存目录
/install 安装文件 (安装后一定要删除)
base.css 基本样式表
index.php 网站默认首页
robots.txt 搜索控制文件
/templets模板目录
/dedecmsv31 3模板目录
/default 默认模板目录
article_article.htm 普通文章页面模板
article_default.htm 一般文档页面模板
article_flash.htm flash页面模板
article_images.htm 图集页面模板
article_soft.htm 软件页面模板
article_spec.htm 专题页面模板
index.htm 网站首页模板
index_article.htm 文章频道封面模板
index_article_webart1.htm
index_article_webart2.htm
index_article_webart.htm
index_default.htm 一般文档封面模板
index_flash.htm flash频道封面模板
index_images.htm 图集频道封面模板
index_soft.htm 软件频道封面模板
list_article.htm 文章列表模板
list_default.htm 一般文档列表目录模板
list_flash.htm flash文档列表模板
list_free.htm 自由列表模板
list_images.htm 图集列表模板
list_soft.htm 软件列表模板
list_spec.htm 专题列表模板
/img 模板图片目录（含样式表）
/plus 辅助插件模板目录
download_links_templet.htm 下载链接模板
feedback_confirm.htm 评论确认模板
feedback_templet.htm 用户评论模板
feedback_templet_js.htm
flink-add.htm 友情链接添加模板
flink-list.htm 友情链接列表模板
guestbook.htm 留言本模板
heightsearch.htm 高级搜索模板
js.htm
recommend.htm 推荐好友模板
rss.htm RSS的XML模板
rssmap.htm RSS订阅文件
showphoto.htm 图片显示模板
sitemap.htm 网站地图模板
view_msg.htm 会员提示信息模板
vote.htm 投票结果显示模板
/system 系统模板目录
channel_list.htm 栏目列表系统模板
list_fulllist.htm 文档列表系统模板
mynews.htm 站内新闻系统模板
part_arclist.htm 文章列表系统模板
part_autochannel.htm 分类栏目系统模板
part_channelartlist.htm 包含文章列表的栏目系统模板
part_imginfolist.htm 使用imginfolist标签调用的模板
part_imglist.htm 使用imglist标签调用的模板
part_type_list.htm 单个栏目的系统模板
spec_arclist.htm 专题列表文章系统模板
spec_list.htm 专题用模板
tag_arclist.htm
tag_fieldlist.htm fieldlist用系统模板
/system/channel 频道特殊底层模板目录
channel_downlinkpage.htm 下载地址列表链接模板
channel_downlinks.htm 下载地址列表模板
channel_spec_note.htm 专题节点列表模板
/include目录 程序核心目录
config_base.php 环境定义文件。用于检测系统环境，定义工作目录，保存数据库链接信息，引入常用函数等，建议不要修改。
config_hand.php 系统配置文件。定义系统常用的配置信息定义，可从后台管理直接生成该文件。
config_passport.php 通行证文件
config_rglobals.php 检测系统外部变量
config_rglobals_magic.php 同上
inc_archives_view.php 用于浏览文档或对文档生成HTML
inc_arclist_view.php 用于浏览频道列表或对内容列表生成HTML
inc_arcmember_view.php 用于浏览会员发布的文档
inc_arcpart_view.php 用于解析和创建全局性质的模板，如频道封面，主页，单个页面等
inc_arcsearch_view.php 用于文档搜索
inc_arcspec_view.php 用于浏览所有专题列表或对专题列表生成HTML
inc_channel_unit.php 用户解析特定频道的附加数据结构信息
inc_channel_unit_functions.php 系统共用函数集合
inc_downclass.php 防采集随机字符串函数
inc_freelist_view.php 用于对特定内容列表生成HTML
inc_functions.php 可供用户使用的函数集合
inc_imgbt.php GetTypeidSelMember
inc_memberlogin.php 用于用户登录及获得会员状态
inc_photograph.php 用于处理系统中的图片，例如水印，缩略图等
inc_photowatermark_config.php 图片处理参数定义
inc_rss_view.php 用于浏览频道RSS或对RSS生成静态文件
inc_separate_functions.php SpGetArcList函数，用于获得文档列表
inc_sitemap.php 用于生成网站地图
inc_type_tree.php 用于选择栏目的目录树
inc_type_tree_member.php 同上，会员使用
inc_typelink.php 用于显示文章的位置和栏目位置等
inc_typeunit_admin.php 用于频道管理时的一些复杂操作，主要用于后台
inc_typeunit_menu.php 同上
inc_userlogin.php 用于管理员登录
inc_vote.php 用于管理投票
jump.php 用于超链接跳转
pub_charset.php 共用字符处理函数，GB/UTF-8/Unicode/BIG5等互换
pub_collection.php 用于采集
pub_collection_functions.php 采集用函数
pub_datalist.php 后台管理用数据列表
pub_datalist_dm.php 同上，不使用模板
pub_db_mysql.php 用于操作数据库
pub_dedehtml2.php 用于采集中的HTML解析
pub_dedehtml.php HTML解析器
pub_dedetag.php 用于dede模板标签解析
pub_httpdown.php 用于下载http中的资源
pub_oxwindow.php 后台程序扩展
pub_splitword_
www.php
织梦分词算法
validateimg.php 验证码
vdimgck.php 验证码
/inc 共用函数目录
inc_fun_funAdmin.php 获取拼音码等函数
inc_fun_funString.php html代码处理等函数
inc_fun_SpGetArcList.php 获取文档列表SpGetArcList
模块：/group/圈子模块
/ask/问答系统
/book/ 小说系统
dede安全设置：
1、保持更新，及时打补丁。
2、安装后及时把install文件夹删除
3、及时把管理目录dede文件夹改名，最好是改成MD5形式的，最好长点
4、记得为管理员密码设置强壮的。
5、不用会员的可以把member做掉
6、不用留言本的可以把plus下的guestbook做掉
7、如果是使用HTML可以把plus下的相应文件和根目录下的index.php做掉（用不到的全删掉，还可以把数据库里面不用的表删除掉）
8、后台的文件管理（管理目录下file_manage_xxx.php），不用的可以做掉，这个不是很安全，至少进了后台上传小马很方便
9、下载发布功能（管理目录下soft__xxx_xxx.php），不用的话可以做掉，这个也比较容易上传小马的